Uma pesquisa breve aqui no fórum rapidamente te ilustra a situação actual: não existe nenhum critério oficial por parte da FCT no que diz respeito a comparações pré/pós Bolonha, quer a nível de licenciatura quer mestrado (talvez o guião 2009 traga novidades).
Dito isto, há duas interpretações plausíveis do regulamento da FCT:
1. Como ele foi escrito pré-Bolonha, licenciatura refere-se a licenciatura pré-Bolonha (tipicamente 5 anos) e mestrado refere-se a mestrado pré-Bolonha (tipicamente 2 anos após conclusão da licenciatura pré-Bolonha). Neste caso, um mestrado pós-Bolonha é equivalente a uma licenciatura pré-Bolonha e para competires com mestrados pré-Bolonha terias de ter um duplo mestrado (?).
2. Como foi sendo homologado ano após ano, a terminologia que está em vigor é a do diário da república: quem completou um curso superior denominado licenciatura (independentemente de ser pré ou pós Bolonha) é licenciado e quem completou um curso superior conducente ao grau de mestre é considerado como tendo obtido um mestrado (inclui mestrados integrados).
Os pesos divulgados no guião da FCT foram claramente pensados com 1. em mente, mas é óbvio que mesmo que apliques 2., não surge nenhuma contradição (apenas casos omissos).
Conclusão: depende tudo do painel e, especulo eu, dos outros candidatos. Se fosse eu a decidir, fazia "três montinhos": pré-bolonha, pós-bolonha e casos excepcionais e ia reduzindo cada um deles (seria relativamente fácil). A ideia é minimizar o número de comparações "apples to oranges" e tornar o processo mais transparente.
A única informação factual que podes obter é ir perguntando aos candidatos de anos anteriores da tua área científica qual a sua formação / nota que lhe foi atribuída e criar uma tabela-resumo. Depois tens de extrapolar para o teu caso, estimar a tua nota e ver se ficavas acima da linha de corte.
Duvido que a minha área (Eng. Electrotécnica e Computadores) seja a tua, mas para referência, tenho uma Lic. pré-Bolonha e um mestrado pós-Bolonha, ambos tirados na FEUP e ambos com nota 16, e fiquei com 4.0 no mérito do candidato (não tenho publicações nem nada de muito exceptional no CV). Ora o guião
http://alfa.fct.mctes.pt/apoios/bolsas/ ... ao2008.pdf dá 4.0 logo pela licenciatura, o que quer dizer que o mestrado contou ZERO. Justo? Nem por isso, mas como me foi atribuída bolsa, não tenha razões de queixa.
Quanto à admissão na universidades, o critério depende delas próprias. Tradicionalmente era necessário 16 na licenciatura ou ter um mestrado, mas agora qualquer um tira um mestrado, pelo que deves consultar directamente com a universidade que te interessa
e tentar saber quais os requisitos mínimos.
Se tiveres menos de 16 na tua licenciatura, recomendo vivamente tirares um mestrado, ainda que corras o risco de ele também ser desvalorizado pela FCT...
Finalmente, alguém escreveu recentemente aqui no fórum que podes ter accesso às candidaturas dos outros candidatos da tua área se fores à Loja do Cientista, o que se ignorares o facto de ser uma violação grave da privacidade deles (já que em nenhum momento nos é comunicado que os dados e informações pessoais podem ser entregues a terceiros) é uma maneira bastante rigorosa de analisares como foram avaliadas as candidaturas este ano.