Idealmente, seria terminares antes do encerramento do concurso - que neste momento ninguém sabe quando vai ser. Em anos anteriores havia 2 fases, uma em que as inscrições encerravam em Junho e outra em Setembro. Mas é possível que isto venha a mudar nos próximos anos, até porque há rumores de que este concurso vai deixar de ter 2 fases e passar a ter só uma.
Senão, concorres com o mestrado pendente, em teoria não és prejudicada por isso (mas se puderes ter mais publicações em revistas científicas as probabilidades de ter bolsa são obviamente maiores).
O que vem no regulamento sobre isto é, creio:
http://alfa.fct.mctes.pt/apoios/bolsas/ ... ento.phtml
Artigo 19º
Documentos de suporte do processo de bolsa
2. Para além de documentação específica que pode ser exigida no aviso de abertura do concurso e no formulário electrónico, os processos de bolsa devem integrar, consoante o tipo de bolsa, a documentação referida nos números seguintes, originais ou cópias autenticadas.
3. Para bolsas de tipo BD e BM, são necessários os seguintes documentos:
a. Documentos comprovativos de que o candidato reúne as condições exigíveis para o respectivo tipo de bolsa, nomeadamente certificados de habilitações de todos os graus académicos obtidos, com média final e com as classificações em todas as disciplinas realizadas (por submissão electrónica e a entregar em suporte de papel, em caso de concessão de bolsa);
(...)
9. No caso de o candidato não conseguir obter os certificados mencionados nas alíneas a) do nº 3 até ao termo do prazo de candidatura, deve substituí-los por declarações da sua responsabilidade com o correspondente conteúdo, submetidas electronicamente e, em caso de concessão da bolsa, enviar à Fundação para a Ciência e a Tecnologia os certificados oficiais, logo que deles disponha.
10. Sem prejuízo do disposto no número anterior, as candidaturas podem ser, entretanto, avaliadas, mas as bolsas apenas serão concedidas após a recepção dos certificados comprovando as informações comunicadas nos termos do número anterior.
11. A não entrega da documentação, referida nos números anteriores, nas condições exigidas pelo presente regulamento, no prazo de seis meses a partir da data da comunicação da aprovação em sede de avaliação científica, implica a não concessão de bolsa e encerramento do processo.
(...)
Boa sorte.