Olá.
Quanto à licença de parto, é uma licença... Não é suposto que trabalhes nesse período, e a bolsa será prolongada pelo período correspondente.
Quanto à gravidez, e não havendo nenhuma situação médica que te impeça de trabalhar, penso que não podes legalmente pedir para a FCT te pagar como se estivesses de baixa médica... Claro que o bom senso mandará que não trabalhes com reagentes perigosos, e penso que ninguém te irá condenar (incluindo a FCT e os tribunais em último caso) se recusares fazer esse tipo de trabalho durante a gravidez. Penso que o que haverá a fazer é falares com o/a teu/tua orientador/a, e eventualmente alterarem o plano de trabalhos de modo a fazeres tarefas que não obriguem ao risco de contacto com esses reagentes... Quanto mais não seja, escreveres a tese e artigos e pesquisas bibliográficas...
Encontrei este artigo que se refere ao trabalho "normal" e penso que podes, em caso de menor compreensão de parte do/a supervisor/a, argumentar que deve acontecer o mesmo independentemente de estares numa bolsa e não num trabalho "normal", incluindo:
Fonte:
http://ecosaude.pt/riscos-laborais-das- ... -gravidas/
:: A proibição da exposição nas situações de maior gravidade;
:: A adaptação das condições de trabalho;
:: A atribuição de tarefas alternativas que sejam compatíveis com o seu estado, assim como, com a sua categoria profissional;
:: A dispensa do trabalho durante o tempo necessário, no caso das medidas anteriores não serem possíveis de serem implementadas.
Tendo como base os critérios que definem nocividade3 e os valores de referência que levam ao limite de exposição, foi realizada uma lista de atividades condicionadas e proibidas às trabalhadoras grávidas e lactantes. Relativamente às atividades proibidas, às trabalhadoras grávidas e lactantes, destacam-se as seguintes:
:: Atividades realizadas com exposição a radiações ionizantes(as radiações ionizantes mais conhecidas são os raios x, usadas nos equipamentos radiológicos para fins médicos);
:: Atividades realizadas em atmosferas de pressão elevada (por exemplo, o mergulho);
:: Atividades realizadas com substâncias químicas rotuladas com algumas frases de risco, o chumbo e os seus compostos e os trabalhos mineiros.(...)
(o artigo inclui as referências da legislação que se aplica ao trabalho "normal")
Boa sorte, que tudo se resolva pelo melhor. E uma feliz gravidez se for o caso.